A. clarkii được phân bố rộng rãi ở khu vực Ấn Độ Dương - Thái Bình Dương, từ vịnh Ba Tư, băng qua Đông Nam Á, trải dài về phía đông đến tận nhóm đảo Melanesia và Micronesia; phía bắc đến Đài Loan, miền nam Nhật Bản và quần đảo Ryukyu; phía nam đến bang Tây Úc[2].

A. clarkii thường sống xung quanh các rạn san hô và những bãi đá ngầm, hoặc trong những đầm phá, ở độ sâu khoảng 1 – 60 m. A. clarkii sống cộng sinh với hải quỳ, đặc biệt là 10 loài sau: Cryptodendrum adhaesivum, Entacmaea quadricolor, Heteractis aurora, Heteractis crispa, Heteractis magnifica, Heteractis malu, Macrodactyla doreensis, Stichodactyla gigantea, Stichodactyla haddoni và Stichodactyla mertensii[2].